Фамилия Комягин образована от прозвища Комяга. В старину комягой называли грубо выдолбленное из бревна корыто, а также долблёную лодку-однодеревку, колоду для корма скота или водопоя. Слово это живёт в северных и сибирских говорах до сих пор. Прозвище Комяга могли дать человеку, который жил в лесной местности и промышлял изготовлением таких изделий — долбил колоды, делал лодки-комяги. То есть фамилия прямо указывает на ремесло основателя рода, а заодно и на его место жительства: скорее всего, это был лесной край с реками и озёрами, где без комяги не обойтись.

Интересно, что суффикс -ин в фамилии Комягин — один из самых древних в русской антропонимии. Он присоединялся к основам на -а, -я и означал принадлежность: «чей?» — «сын Комяги». Такая модель была особенно распространена на севере и северо-востоке Руси. Так что география фамилии, скорее всего, привязана к Поморью, Вологодчине или Приуралью, где долблёные лодки и корыта были обычной утварью.

Сравните с родственными фамилиями: Комяков (от комяк — тот же смысл), Комягин встречается реже, что тоже говорит о локальном, почти профессиональном прозвище. Никакой альтернативной версии — от крестильного имени или тюркского заимствования — для этой фамилии нет: основа прозрачно славянская и бытовая.