Фамилия Комышноя — редкий случай, когда необычное окончание «-оя» не является ни украинским, ни белорусским вариантом, а скорее указывает на застывшую форму прилагательного в женском роде. В русской традиции такие фамилии могли закрепиться у женщин (например, вдов, записанных по мужу), но здесь, вероятно, мы имеем дело с прозвищем или именованием, которое не изменилось по родам и стало общей фамилией для всей семьи.

Корень «комыш-» почти наверняка восходит к слову «комыш» — южнорусскому и украинскому названию камыша, тростника. В говорах так называли заросли, болотистую поросль, а также человека, который в них живет или промышляет. Таким образом, основа фамилии — прозвище Комышный, то есть «живущий у камышей» или «заросший, как камыш» (в переносном смысле — небритый, лохматый). Суффикс «-н-» здесь образует прилагательное от существительного, а окончание «-оя» — это диалектное или просторечное написание, которое в официальных документах могло закрепиться из-за особенностей произношения (вместо литературного «-ая»).

Модель образования фамилии — от прозвища через притяжательное прилагательное без добавления патронимического суффикса. Обычно фамилии на «-ой» (Комышной) встречаются на юге России и в Беларуси, но форма «Комышноя» — более локальная и редкая. Географически фамилия может быть привязана к регионам, где говорят «комыш» вместо «камыш»: это Курская, Белгородская, Воронежская области, а также восток Украины.

В ономастике подобные фамилии не описаны в крупных словарях, но по аналогии с фамилией Камышный (от литературного «камыш») можно предположить, что предки носителя фамилии Комышноя жили в пойме реки, у озера или болота, занимались рыболовством, плетением из тростника или просто получили прозвище по месту жительства. Никаких сведений о дворянском происхождении или известных исторических личностях с этой фамилией нет — это типичная крестьянская или казачья фамилия, возникшая в XVIII–XIX веках при массовом закреплении прозвищ.