Фамилия Кондрунина — это женская форма, а мужская, Кондрунин, образована по стандартной для русского севера и центра модели: от основы Кондрун- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Кондруна). В центре фамилии — прозвище или неканоническое имя Кондрун. Само имя Кондрун — редкий вариант более известного Кондрат (от латинского имени Конрад, означающего «отважный советник»). В говорах, особенно на Вятке и в пермских землях, звук «р» мог выпадать или заменяться, поэтому Кондрун — это местное, диалектное переоформление имени Кондрат, которое в народе звучало как Кондрун или Кондрон.

Словообразовательный ряд здесь прозрачен: Кондрат → Кондрун (усечение с суффиксом -ун) → Кондрунин. Суффикс -ун в русских прозвищах и именах часто придавал оттенок просторечности или уменьшительности, иногда — пренебрежения, но чаще — фамильярной ласки. Так что Кондруном могли называть невысокого, коренастого или просто деревенского Кондрата, а его дети записывались как Кондрунины.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Европейской России. В переписях XVII–XVIII веков Кондрунины встречаются среди крестьян и однодворцев Вятской губернии, а также в Казанской и Пермской губерниях. Это не дворянская фамилия, а типичная крестьянская, что подтверждается отсутствием в родословных книгах. Однако есть и редкая версия, связывающая основу с диалектным словом «кондра» — так в некоторых говорах называли короткую толстую верёвку или обрывок, но эта гипотеза слабее: прозвище по верёвке маловероятно, а по имени — естественно.

Таким образом, фамилия Кондрунина прямо указывает на предка по имени Кондрун, то есть Кондрат, жившего в северной или вятской деревне. Носительница фамилии может считать себя потомком крестьянина-северянина, чьё имя было переделано на местный лад.