Фамилия Кондрукова — женская форма фамилии Кондруков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем. Основа здесь — «Кондрук», что с большой вероятностью является производной формой от крестильного имени Кондратий (в народном произношении — Кондрат). Уменьшительные суффиксы -ук, -юк, -ик в восточнославянских фамилиях часто указывали на сына или младшего родственника: Кондрук — буквально «маленький Кондрат» или «сын Кондрата». Такая модель образования особенно характерна для украинских и белорусских земель, где суффикс -ук/-юк встречается чаще, чем в великорусских говорах.

Однако не стоит исключать и чисто прозвищную версию. В русских диалектах слово «кондрук» могло быть связано с глаголом «кондрить» — в некоторых говорах это означало «упрямиться», «капризничать» или «делать что-то невпопад». Тогда прозвище Кондрук дали человеку с непростым, своенравным характером. Такая основа встречается реже, чем имя Кондратий, но полностью отбрасывать её нельзя — в ономастике нередки случаи, когда внешне «именная» фамилия на поверку оказывается прозвищной.

Суффикс -ов в мужской форме Кондруков указывает на принадлежность: «чей?» — Кондруков, то есть потомок Кондрука. По сословной принадлежности носители фамилии могли быть как крестьянами, так и казаками или мещанами. Фамилия не является дворянской — в родословных книгах она не встречается, а её распространение сосредоточено в южных и юго-западных регионах России, а также на Украине. Встречаются варианты написания с одной «к» (Конруков), но это скорее описки, чем устойчивая форма.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В фамилии Кондруков оно чаще падает на второй слог — КондрУков, что типично для фамилий на -ук. Если же произносить с ударением на первый слог (Кóндруков), это звучит как попытка «обрусить» украинскую основу, хотя в бытовой речи такие варианты тоже возможны. Однокоренные фамилии — Кондратов, Кондратьев, Кондратенко, Кондрук — образуют гнездо, где Кондруков занимает промежуточное положение между полной формой имени и его уменьшительным вариантом.