Фамилия Кондрюков образована от имени Кондрюк — народной, обиходной формы крестильного имени Кондратий. В основе лежит уменьшительный суффикс -юк, который в украинской, белорусской и южнорусской традициях указывал на молодого человека или сына: Кондрюк буквально значил «маленький Кондрат» или «сын Кондрата». Суффикс -ов в финале фамилии — стандартный русский патронимический формант, так что полное значение «Кондрюков» — «потомок (или принадлежащий) Кондрюка».

Само имя Кондратий восходит к латинскому Contradus (от contra — «против»), но в русском быту оно прочно ассоциировалось с казачьей и крестьянской средой — достаточно вспомнить Кондратия Булавина, предводителя донского восстания. Фамилия Кондрюков, скорее всего, сложилась в тех краях, где имя Кондрат было особенно распространено: на юге России, в Поволжье и на Украине. Форма с суффиксом -юк характерна именно для украинского и донского говоров, что делает фамилию регионально окрашенной.

Встречается также вариант написания Кондрюков с ударением на второй слог — Кондрю́ков, что типично для фамилий на -юк-ов. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Кондратий давало множество производных: Кондратов, Кондратьев, Кондратенко, Кондрашов, Кондрушкин, — и форма Кондрюк не стала самой ходовой. Сейчас носители фамилии живут в основном в Ростовской, Волгоградской областях и в Краснодарском крае, что подтверждает её южное происхождение.