Фамилия Кондрюковы — один из ярких примеров того, как просторечная, «домашняя» форма крестильного имени закрепилась в качестве родового прозвания. В её основе лежит имя Кондрюк — народный, сокращённый вариант канонического имени Кондратий (от латинского quattuor — «четвёртый»). Такие усечённые формы (ср. Ванек из Иван, Петрук из Пётр) в старину были распространены в повседневном общении, а позже дали начало сотням фамилий.

Модель образования типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ов (в форме множественного числа -овы) указывает на принадлежность — буквально «чьи?» — «дети Кондрюка». Со временем притяжательное прилагательное застыло в родовом прозвании и перестало склоняться как прилагательное. Фамилия стоит в одном ряду с Кондратовыми, Кондрашовыми, Кондрухиными, но отличается от них именно исходным прозвищным вариантом Кондрюк, который мог бытовать в южнорусских или украинских говорах.

Точное место возникновения фамилии установить трудно: процесс фамилизации растянулся на несколько столетий, а носители имени Кондратий были рассеяны по всей территории расселения восточных славян. Однако характерная форма на -юк (Кондрюк) чаще встречается в украинской и белорусской антропонимии, что позволяет предполагать западные или юго-западные корни рода. В России фамилия в основном фиксируется в Центральном Черноземье и на Дону, куда переселенцы принесли свои говоры и обычаи именования.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Кондрюковы — не просто производное от имени, а живое свидетельство народного словообразования и бытовой культуры: она сохранила ту форму, в которой предка называли в семье и среди соседей, а не в церковных метриках.