Фамилия Кондрюкова образована от имени Кондрюк — народной, разговорной формы канонического имени Кондратий. В русской ономастике такие усечённые варианты (Кондрат → Кондрюк) типичны для простонародной среды: крестьяне и посадские люди часто переиначивали церковные имена на свой лад. Исходное греческое имя Кондратий (от лат. quadratus — «квадратный», в переносном смысле «крепкий, широкоплечий») в быту превращалось в Кондрата, а суффикс -юк придавал уменьшительно-ласкательный или «сыновий» оттенок (буквально «маленький Кондрат» или «сын Кондрата»).

Этот суффикс -юк характерен для украинской и южнорусской антропонимии, что указывает на возможное происхождение рода из земель современной Украины или южных областей России (Курская, Воронежская, Ростовская губернии). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральной и северной России, модель на -юк (Кондрюк → Кондрюков) — это вторичная русификация: отчество на -ов добавили к уже существовавшему прозвищу Кондрюк, чтобы вписать его в русскую фамильную систему.

Основатель рода, скорее всего, был человеком из простого сословия: крестьянином, ремесленником или казаком. Фамилии на -юк редко встречались у дворян — это бытовая, «народная» модель. Таким образом, фамилия Кондрюкова несёт в себе сразу два пласта: церковное имя с античными корнями и живую разговорную традицию южнорусского и украинского простонародья.