Фамилия Кондусов образована от прозвища Кондус. Самая вероятная версия связывает его с украинским словом «кондук» — краткая церковная песнь, вид гимна. В таком случае прозвище мог получить певчий или человек, имевший отношение к церковной службе.

Есть и другая трактовка, основанная на русских говорах: «кондас» означало «хитрый, злоречивый». Здесь прозвище указывало бы на характер — недоверчивого или острого на язык человека.

Менее убедительна тюркская версия, выводящая прозвище из слова «кондыз» (бобр). Сторонники этой гипотезы считают, что Кондусом могли назвать охотника на бобров или хорошего пловца. Однако фонетически «кондыз» дал бы скорее форму Кондызов, а не Кондусов, поэтому украинское и диалектное объяснения выглядят предпочтительнее.

По суффиксу фамилия относится к самой распространённой в русском языке модели: -ов добавлялся к основам на твёрдый согласный. Она означает «сын (или потомок) Кондуса» и закрепилась в документах чаще всего в XIX веке, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии.