Фамилия Кондюхов образована от прозвища или имени Кондюх. Самая прямая версия — от диалектного слова «кондюх», то есть «индюк». Такое прозвище могло указывать на занятие: разведение индюков, торговля ими. Но не исключён и переносный смысл — прозвище могли дать гордому, важному человеку, который «ходит индюком».

Вторая версия выводит фамилию из календарного имени Кондратий. Кондюх — одна из его разговорных, обиходных форм, наряду с Кондратом или Кондюшей. В русской ономастике такие усечения (Кондратий → Кондюх) обычны: они возникали в быту, а потом закреплялись как фамильные основы.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Кондюхов), то есть «сын Кондюха». Это типичный патроним, каких большинство в русском фамильном фонде. Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская — такие «прозвищные» фамилии редко встречаются у высших сословий.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским говорам: слово «кондюх» в значении «индюк» фиксируется в курских, воронежских, харьковских диалектах. Встречаются однокоренные варианты: Кондюков, Кондюшин, Кондюхин — все они восходят к той же основе, но с разными суффиксами.

Какая из двух версий правдоподобнее? Обе рабочие, но прозвищная (от «индюка») даёт более прямой и прозрачный мотив для именования. Имя Кондратий в народе чаще давало форму Кондрат, а Кондюх — вариант более редкий, зато совпадающий с диалектным названием птицы, что усиливает первую гипотезу.