Фамилия Конгалёв — один из тех случаев, когда написание подсказывает произношение, а не наоборот. Ударение в ней, скорее всего, падает на последний слог: Конгалёв. Буква «ё» в суффиксе — не орфографическая случайность, а верный признак того, что предок говорил именно «Конгалёв», а не «Конгалев». В документах XIX — начала XX века эта фамилия могла записываться и через «е», но современное написание с «ё» закрепило живое произношение.

Основа фамилии — прозвище Конгаль. Его происхождение неочевидно, и здесь стоит рассмотреть две версии. Первая, и наиболее вероятная, связывает прозвище с диалектным словом «конга» или «конг». В северных и сибирских говорах так называли конусообразную кучу, копну сена или льна, а также — переносно — неуклюжего, медлительного человека. В этом случае Конгалём могли прозвать либо крестьянина, занятого уборкой сена (того, кто «конгалил» — складывал в копны), либо обладателя соответствующей грузной фигуры или неторопливого нрава.

Вторая версия — тюркская. В татарском и башкирском языках есть слово «күңел» (произносится как «кунгель»), означающее «душа», «настроение», «сердце». Прозвище Конгаль (или Кунгаль) могло получить человек душевный, «конгалле» — с душой нараспашку. Однако эта версия менее убедительна: суффикс -ёв (а не -ин) указывает на то, что прозвище было на -а/-я и воспринималось как мужское, а переход тюркского «ү» в русское «о» нехарактерен для фамилий, образованных в центральной России. География фамилии Конгалёв — преимущественно Поволжье и Урал, где русское население веками соседствовало с тюркским, поэтому полностью исключать второй вариант нельзя, но первый — прозвище по роду занятий или внешности — выглядит проще и естественнее.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к прозвищу на согласный (Конгаль) добавили притяжательный суффикс -ёв (фонетический вариант -ев после мягкого согласного). Буква «ё» здесь — результат того, что суффикс оказался под ударением. Такой тип фамилий массово складывался в XV–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди получали «фамильное прозвище» отца. Предок носителя фамилии, скорее всего, был незнатным человеком: крестьянином или ремесленником, которого в деревне знали по его работе (сеностав) или по особенности поведения. Дворянских родов Конгалёвых не зафиксировано.