Фамилия Кононцев — наглядный пример того, как русская фамилия строится от канонического (церковного) имени, но с не самым распространённым суффиксом. В основе лежит имя Конон (от греческого «Konon» — «трудящийся», «работающий»), которое в святцах встречается, но в быту было редким даже по меркам XIX века. А вот суффикс -ев- здесь не случаен: он указывает на принадлежность (чей? — Кононцев), а конечное -ц- в корне — результат чередования «н/нц», типичного для русской фонетики при добавлении суффикса. То есть буквально фамилия означает «сын (или потомок) Конона».

Интереснее другое: в отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, которые часто давали крестьянам при переписях, Кононцев могла закрепиться за конкретным родом, где имя Конон передавалось из поколения в поколение. В документах XVI–XVII веков встречаются упоминания крестьян и посадских людей с таким именем в северных и центральных губерниях — например, в Вологодской и Костромской землях. Там же, по данным современных списков, фамилия до сих пор встречается чаще, чем в южных регионах.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от прозвища Кононец — так могли называть выходца из села или деревни с названием Кононово, Кононка. Но тогда фамилия звучала бы как Кононовский или Кононский, а суффикс -цев- обычно указывает на отчество, а не на топоним. Поэтому основная версия — от имени.

Сравните с однокоренными фамилиями: Кононов (самая частая), Кононенко (украинская), Конончук (белорусская). Кононцев стоит особняком — он показывает, что предок носителя не просто носил имя Конон, а был именно его сыном, причём в той форме, где фамилия не успела «обкататься» до стандартного -ов. Это косвенно указывает на относительно позднее оформление фамилии (XVII–XVIII века) и на то, что род был не слишком многочисленным, а значит, сохранил свою локальную привязку.