Фамилия Кононцовы — отчество второго порядка, то есть «внук Конона». Разбираем по шагам: в основе лежит крестильное имя Конон (греч. konon — «трудящийся, трудолюбивый»). В старину имя было распространённым, особенно в среде духовенства и крестьян. От имени Конон образовалась краткая форма Кононец (по аналогии с Иван — Иванец, Пётр — Петрец), а от неё — притяжательное прилагательное «Кононцов сын». Со временем притяжательность стёрлась, и за потомками закрепилась фамилия Кононцовы.

Словообразовательная модель на -ов (после шипящего -ц переходит в -ов) здесь нестандартна: суффикс присоединился не к полному имени, а к основе на -ец. Такие фамилии — Кононцов, Кузнецов, Плотников — встречаются реже, чем простые отчества на -ов, и часто указывают на более позднюю фиксацию: фамилию давали не отцу, а деду, когда родовое прозвище уже устоялось.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям — Воронежской, Курской, Ростовской, а также встречается у казаков. В переписных книгах XVII века имя Конон фиксируется часто, но сама фамилия Кононцов в документах XVIII–XIX веков встречается не повсеместно. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в нескольких разрозненных родах независимо, а не из одного корня.

Спорных версий происхождения нет: значение «трудолюбивый» и церковное происхождение имени бесспорны. Единственное, что стоит оговорить: в народной этимологии фамилию иногда ошибочно связывают со словом «конец» или «конон» в значении «закон», но эти версии не выдерживают критики — греческое заимствование через церковный календарь очевидно.

Таким образом, Кононцовы — потомки человека по имени Конон, вероятно, трудолюбивого и уважаемого в своей общине. Документально проследить единую родословную сложно, но сама фамилия сохраняет память о редкой модели отчества и о греческом имени, которое почти вышло из обихода к XX веку.