Фамилия Кононцева — женская форма от Кононцев, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Кононец. В основе лежит каноническое мужское имя Конон (от греческого «конос» — «трудящийся», «деятельный»). Уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -ец (Кононец) была типична для русских говоров: так могли называть в семье младшего сына или просто ласково обращаться к носителю полного имени.

Словообразовательная модель с суффиксом -ев (Кононц-ев) указывает на принадлежность: «чей?» — Кононцев, то есть сын или потомок Кононца. Окончание -а в женском варианте — стандартное русское патронимическое окончание для женщин, никакой дополнительной смысловой нагрузки не несёт.

Интересная деталь: фамилия редкая, и её написание могло колебаться. В дореволюционных метрических книгах можно встретить вариант Кононцов — с окончанием -ов вместо -ев. Это не ошибка, а отражение живой народной традиции: в говорах, где «ц» произносили твёрдо, суффикс -ов казался уместнее. Однако закрепился вариант с -ев, что более логично для морфологии (основа на мягкий согласный «ц»).

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, особенно к бывшим Тульской, Рязанской и Орловской губерниям. Там имя Конон было в ходу у крестьян и мещан, а форма Кононец встречалась как уличное прозвище. Значит, предки носительницы фамилии — скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие фамилию по деду или отцу, которого в деревне знали как Кононца.

Других версий происхождения — от тюркских корней или от названия профессии — для этой фамилии нет. Всё сводится к личному имени Конон, что делает её типичным примером русской патронимической фамилии с необычным, но прозрачным суффиксом.