Фамилия Конотопченко образована от прозвища Конотоп с помощью украинского суффикса -ченко, который указывает на происхождение: «сын Конотопа» или «потомок того, кого прозвали Конотопом». Такая модель типична для украинских фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках, когда суффикс -енко (в варианте -ченко после основ на -к, -ч) стал главным показателем родства.

Прозвище Конотоп, скорее всего, связано с городом Конотоп в Сумской области Украины. Поселение Новоселицы основали украинские казаки в начале XVII века. Первое упоминание о городе датируется 1635 годом, а в 1642 году здесь построили крепость, названную по речке Конотопке. В 1659 году под Конотопом состоялась знаменитая битва между татарско-казацким войском гетмана Выговского, нарушившего решения Переяславской рады 1654 года, и московским войском князя А. Трубецкого. В 1782 году Конотоп получил статус города.

Вероятно, предок носителя фамилии долго жил в этом городе или происходил оттуда, за что и получил прозвище по месту жительства. Со временем прозвище Конотоп, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его в повседневной жизни и документах. Фамилия Конотопченко — одна из тех, что хранит связь с конкретным историческим местом, а не с личным именем или ремеслом. Её географическая привязка к Левобережной Украине делает её носителей потомками выходцев из казацких земель Сумщины.