Фамилия Конотопов — из числа тех, что образованы от географического названия. Основа здесь — топоним Конотоп, город на реке Езучь (приток Сейма) в современной Сумской области Украины. Первое упоминание о нём относится к 1635 году, а в 1642-м там уже стояла крепость. В 1659 году под Конотопом произошло знаменитое сражение между войском гетмана Выговского, нарушившего решения Переяславской рады, и московским войском под командованием князя Трубецкого. Статус города Конотоп получил в 1782 году.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: к названию города прибавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность или происхождение. Конотопов — буквально «сын человека из Конотопа» или «выходец из Конотопа». Такую схему Б. Унбегаун в своём труде «Русские фамилии» относит к разряду «географических»: она характерна для фамилий, которые давали переселенцам, чтобы отличать их от коренных жителей новой местности.

Интересно, что сам топоним Конотоп имеет прозрачную внутреннюю форму: «конь» + «топить» (топкое, болотистое место, где вязнут лошади). Однако фамилия Конотопов не имеет к этому прямого отношения — она вторична, производна от названия города, а не от прозвища по болоту. Если бы основой было прозвище, фамилия скорее выглядела бы как Конотопов с ударением на второй слог, но в реальности ударение в фамилии обычно падает на третий слог (Коното́пов), что соответствует ударению в названии города.

География фамилии широкая: носители встречаются и в России, и на Украине, что естественно для фамилии, связанной с историческим регионом, который многократно переходил из рук в руки. В дореволюционных документах Конотоповы фиксируются и среди крестьян, и среди мещан, и даже в купеческом сословии — единого социального «гнезда» у неё нет. Сословная принадлежность определялась тем, когда и при каких обстоятельствах конкретный предок покинул Конотоп и осел на новом месте.