Фамилия Конотопкин — редкий случай, когда географическое название стало основой для прозвища, а затем и для фамилии, но с неочевидным суффиксом. На первый взгляд кажется, что перед нами типичная фамилия на -кин, образованная от личного имени или прозвища на -ка (Конотопка). Однако корень здесь — украинский топоним Конотоп (город в Сумской области). В русских говорах и документах XVII–XVIII веков выходца из Конотопа могли прозвать Конотопцем, Конотопом или, по модели северных и центральных регионов, Конотопкой. От этого прозвища с помощью патронимического суффикса -ин (в форме -кин после основы на -к) и возникла фамилия: Конотопка → Конотопкин.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: «чей?» — Конотопкин, то есть сын или потомок Конотопки. Такая модель типична для фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках в Московском государстве, особенно среди служилых людей и крестьян. Само прозвище Конотопка не имело ничего общего с «конём» или «топотом», как может показаться при беглом взгляде. Это этнотопонимическое прозвище — человека называли по месту его прежнего жительства. Сравните: Тамбовкин, Рязанкин, Калугин.

География фамилии сегодня довольно размыта, но исторически она должна была закрепиться в тех регионах, куда переселялись выходцы с украинского Левобережья: южные уезды России (Курская, Воронежская губернии), а также Поволжье и Урал, куда в XVIII веке шли потоки мигрантов. Встречается фамилия и в казачьей среде, где прозвища по месту службы или родины были обычным делом.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ский (Конотопский), которые у дворян и духовенства указывали на владение или приход, Конотопкин — фамилия демократичная, крестьянско-мещанская. Она говорит о том, что предок не просто жил в Конотопе, а был оттуда родом, и это прозвище закрепилось за ним на новом месте, став родовым именем.