Фамилия Конотопкина — женская форма мужской фамилии Конотопкин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Конотопок, которое, в свою очередь, образовано от названия населенного пункта. Самый очевидный и близкий топоним — город Конотоп в Сумской области Украины. Однако связь может быть не прямой: прозвище Конотопок мог получить человек, переселившийся из этих мест, или же тот, кто жил на болотистой почве, где «кони тонут». Вторая версия менее вероятна с точки зрения словообразования: суффикс -ок- в прозвище скорее указывает на уменьшительную форму от географического названия (Конотоп → Конотопок), а не на бытовую характеристику.

Суффикс -кин в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность: Конотопкин — это «сын Конотопка». Эта модель (основа на -а/-я + -кин) характерна для северных и центральных областей России, а также для Поволжья. В отличие от южнорусских и украинских фамилий на -енко, фамилия Конотопкин имеет более древнюю, патронимическую природу, хотя и образована от прозвища, а не от крестильного имени.

В дореволюционных источниках фамилия встречается редко и преимущественно в крестьянской среде. В списках однодворцев и государственных крестьян Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерний встречаются носители фамилии Конотопкины, что подтверждает её связь с черноземными регионами, куда переселялись выходцы из Малороссии. Таким образом, предок носительницы фамилии, скорее всего, был либо выходцем из украинского Конотопа, либо жил на одноименном хуторе или починке, которых в центральной России было несколько.

Однокоренные фамилии — Конотопов, Конотопский, Конотопченко — различаются географией и социальным происхождением. Конотопкина стоит в этом ряду особняком: суффикс -кин делает её более «русской» по форме, хотя корень явно отсылает к украинскому топониму. Это типичный пример фамилии-маркера миграции, когда переселенцы получали прозвище по месту выхода, а их дети уже оформляли его в местную грамматическую модель.