Фамилия Конотоп, скорее всего, связана с названием города Конотоп, который находится в современной Сумской области Украины. Многие русские и украинские фамилии образовались от названий мест, где человек жил или откуда был родом. В данном случае предка обладателя фамилии могли прозвать Конотопом за то, что он долгое время жил в этом городе или переехал оттуда.

Сам город Конотоп имеет богатую историю. Он стоит на реке Езучь, притоке Сейма. Поселение Новоселицы основали украинские казаки в начале XVII века. Первый раз о нём упомянули в 1635 году. В 1642 году здесь построили крепость, которую назвали по речке Конотопка. Под городом в 1659 году произошла знаменитая Конотопская битва — сражение между татарско-казацким войском гетмана Выговского и московским войском князя А. Трубецкого. Статус города Конотоп получил в 1782 году.

Обратите внимание на модель образования фамилии. Фамилия Конотоп — это «чистая» основа без типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. Такая форма часто встречается у прозвищ, которые просто закрепились за человеком и передались потомкам. В отличие от фамилий вроде Конотопов (чей предок был Конотопом), форма Конотоп указывает, что прозвище не переделывали, а оставили в исходном виде. Это редкий случай, который говорит либо о давнем происхождении, либо о том, что фамилия могла сформироваться в украинской среде, где такие бессуффиксные фамилии встречаются чаще.