Фамилия Конотопова образована от названия города Конотоп — это одна из тех фамилий, что прямо указывают на место, откуда человек родом или где жил. Такие фамилии давали переселенцам: когда крестьянин или посадский уходил в другую местность, его записывали по прежнему месту жительства, чтобы отличить от одноимённых соседей.

Город Конотоп стоит на реке Езучь, притоке Сейма, сейчас это Сумская область Украины. Первое упоминание о нём относится к 1635 году, а в 1642 году здесь уже возвели крепость. Под этими стенами в 1659 году развернулась Конотопская битва — столкновение татарско-казацкого войска гетмана Выговского, который отошёл от решений Переяславской рады 1654 года, с московским войском под командованием Алексея Трубецкого. В 1782 году Конотоп официально получил статус города. Все эти даты — не просто хронология, а указание на то, что фамилия могла возникнуть не раньше, чем название города закрепилось в документах, то есть не ранее середины XVII века, а скорее — в XVIII–XIX веках, когда начался массовый учёт населения.

Суффикс -ов в основе Конотопов — стандартный патронимический или посессивный, он отвечает на вопрос «чей?»: Конотопов значит «сын или потомок того, кто из Конотопа». Женская форма Конотопова образована по тому же правилу. В русской ономастике это типичная модель для фамилий, образованных от географических названий: ср. Ростов — Ростовов, Брянск — Брянсков, хотя чаще встречаются формы без суффикса (Конотопский, Конотопцев). Вариант Конотопов — более редкий, он мог сложиться в среде, где топоним воспринимался не как прилагательное, а как существительное, к которому добавили фамильный суффикс.

Вероятнее всего, предок носительницы фамилии был уроженцем Конотопа или долгое время там жил, а потом перебрался в другую губернию — такие переселенческие фамилии особенно часты в центральной России и Поволжье. Ошибочно считать, что фамилия произошла от прозвища, связанного с глаголом «топить» или существительным «топь»: хотя корень -топ- в топониме просматривается, первая часть «коно-» не имеет внятного славянского объяснения, и лингвисты склонны видеть здесь тюркские или балтские истоки названия города, а не прозрачную бытовую основу.