Фамилия Конотопцев — яркий пример того, как географическое название становится родовым прозвищем, а затем и фамилией. Её основа — топоним Конотоп, хорошо известный украинский город в Сумской области. Суффикс -цев указывает на модель образования, типичную для фамилий, произошедших от названий мест: «Конотопец» — человек из Конотопа, а «Конотопцев» — буквально «сын или потомок конотопца».

Само название города Конотоп имеет прозрачную, хотя и не единственную, этимологию. Самая распространённая версия связывает его с выражением «конский топот»: место, где пасли лошадей или где было слышно их топанье. Менее убедительна версия о происхождении от тюркского «кона-топ» («стоянка в низине») — она слабо подтверждается историческими источниками. В любом случае, прозвище «Конотопец» закреплялось за выходцем из этого города или его окрестностей, а фамилия Конотопцев фиксировала принадлежность к этому роду.

Отличительная черта фамилии — её связь не просто с городом, а с местом, имеющим яркую историческую память. Конотоп известен битвой 1659 года, что могло повлиять на распространение прозвища среди казачества и мещанства. В отличие от фамилий на -ский (вроде Конотопский), которые чаще носили дворяне или духовенство, суффикс -цев выдаёт более демократичное происхождение — скорее всего, крестьянское или мещанское. Фамилия редкая и локальная: основная масса её носителей до сих пор сосредоточена на юге России и востоке Украины, в зоне исторического расселения черниговских и слобожанских казаков.