Фамилия Контэ — редкий для России случай, когда фамилия не адаптирована под русскую словообразовательную модель (нет суффиксов -ов, -ин, -ский), а заимствована в исходном виде. Её основа — французское слово conte, то есть «сказка», «новелла», «история». Скорее всего, прозвище Контэ получил человек, имевший отношение к сочинительству: сказитель, писатель или просто страстный любитель чтения. В среде русских дворян XVIII–XIX веков французский язык был языком повседневного общения, поэтому прозвище на французский манер могло закрепиться за образованным или творческим человеком.

Существует и другая версия — от испанского conte (граф). Она менее правдоподобна, хотя бы потому, что испанское слово для титула звучит как conde, а conte — это именно французское «рассказ». К тому же фамилии, прямо указывающие на графский титул, в русской среде встречаются крайне редко и обычно имеют форму «Графов» или «Графский», а не иноязычный оригинал.

Фамилия Контэ не входит в число распространённых русских фамилий — она скорее единичная, эпизодическая. Появление её в России могло быть связано с французскими иммигрантами (гувернёрами, ремесленниками, офицерами) после революции 1917 года или, наоборот, с русификацией французской фамилии в дореволюционное время. В любом случае, корень здесь не географический и не патронимический, а прозвищный, по занятию или склонности человека.