Фамилия Конухин в своей основе содержит прозвище Конуха, а оно, в свою очередь, — переоформление слова «конюх», то есть человек, ухаживающий за лошадьми. Это так называемое «профессиональное» прозвище: оно указывало на род занятий предка. Однако в фамилии произошла характерная для живой речи замена «ю» на «у» — звук редуцировался или был упрощён при произношении, что и закрепилось на письме.

Модель образования проста: к основе Конух- добавлен типичный русский суффикс принадлежности -ин. Такая модель указывала на «сына Конухи» или «человека из семьи Конухи». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ с окончанием на -а/-я, поэтому Конухин стоит в одном ряду с фамилиями вроде Фомин или Ильин, но с прозвищной, а не крестильной основой.

В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского зафиксировано родственное именование: Конюхов Иван Филиппович, 1596 год, Солова. Эта запись показывает, что прозвища на -юх/-ух были в ходу уже в конце XVI века, а значит, и фамилия Конухин могла сложиться примерно в то же время — в среде служилых людей или крестьян северных уездов, где лошадь была основной тягловой силой.

Интересная деталь: фамилия Конухин географически тяготеет к центральным и северным областям России, где диалектное произношение допускало замену «ю» на «у» в безударной позиции. В южных говорах такая форма встречается реже. Поэтому по фамилии можно предположить, что предки носителя происходили из районов Рязанщины, Владимирщины или Вологодчины.

Версия о связи с редким нецерковным именем Конуха (от «конух» как «конюх») — основная и наиболее правдоподобная. Альтернативные гипотезы, например, связь с тюркским корнем, не имеют под собой серьёзной опоры: фамилия не встречается в татарских или башкирских списках и не имеет характерных восточных суффиксов.