Фамилия Конухин образована от прозвища Конуха, которое, вероятно, восходит к слову «конюх» - «человек, который ухаживает за лошадьми». Согласно этому, прозвище Конуха относилось к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указания на род деятельности предка. Одно из первых упоминаний родственной фамилии относится к концу XVI века: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского записан Конюхов Иван Филиппович, 1596 г., Солова. Так и прозвище Конуха закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Конухин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Конуха, со временем получил фамилию Конухин.