Фамилия Конухин — один из тех случаев, когда написание выдаёт народную, живую речь. В основе лежит прозвище Конуха, которое, скорее всего, возникло как диалектный или упрощённый вариант слова «конюх». Человек, ухаживающий за лошадьми, в быту мог зваться не «конюх», а «конух» — так язык подстроил неудобное стечение звуков под привычный строй. Это же явление мы видим в фамилиях Конухов, Конушкин, а также в старой записи из «Ономастикона» С.Б. Веселовского: там фигурирует Конюхов Иван Филиппович, 1596 года, Солова. Прозвище Конуха, таким образом, — типичное профессиональное именование, которое закрепилось за предком как основное.

Модель образования фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Конухи). В центральных и северных русских говорах этот суффикс был основным для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а. Поэтому Конухин — классическая «патронимическая» фамилия от прозвища, а не от крестильного имени.

Редкость фамилии в том, что она сохранила именно «конух», а не литературное «конюх». Это может указывать на конкретный регион бытования — например, на территории бывших Новгородских или Вятских земель, где подобные фонетические упрощения встречались чаще. В документах XVII–XVIII веков можно встретить варианты Конухов и Конухин, причём вторая форма чаще фиксировалась в среде черносошных крестьян и однодворцев, где лошадь была главным кормильцем, а конюх — не слуга, а сам хозяин, управлявшийся с конём.

Однозначно утверждать, что все Конухины происходят из одного гнезда, нельзя: прозвище могло возникнуть независимо в разных сёлах, где местное произношение превращало «конюха» в «конуху». Поэтому точное место и время появления фамилии можно установить только через генеалогический поиск по конкретным писцовым книгам и ревизским сказкам.