Фамилия Коньякова — женская форма мужской фамилии Коньяков. Её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Коньяк. Вопреки ассоциации с французским напитком, корень здесь, скорее всего, исконно русский. В старину словом «коняк» или «коняка» называли крепкую, рослую лошадь, а в переносном смысле — сильного, выносливого человека, работягу. Человек, получивший такое прозвище, мог быть крепким, как конь, или заниматься лошадьми.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов- (в женском роде -ова) присоединялся к основе прозвища. Коньяк → Коньяков → Коньякова. Это «патронимическая» фамилия, то есть указывающая на отца: чья? — Коньякова. Носительница фамилии — потомок того самого Коньяка.

Встречается фамилия в разных регионах, но чаще всего её корни ведут в южнорусские области, где слово «коняка» было более употребительным. В говорах Рязанской, Тамбовской, Воронежской губерний «коняга» — рабочая лошадь, а «коняк» — её уменьшительная или усилительная форма. В официальных документах XIX века фамилия могла записываться через «о» (Коняков), что подтверждает связь именно с животным, а не с напитком.

Редкость фамилии в том, что она избежала «французского» переосмысления. В отличие от, скажем, фамилии Шампанский, Коньяков не получил распространения среди дворян или духовенства. Это крестьянская или мещанская фамилия, образованная от бытового, «конюшенного» прозвища. Если искать однокоренные параллели, то это фамилии Жеребцов, Кобылин, Лошаков — все они из того же «конного» ряда.