Основой фамилии Конюшкина послужило имя Конюшка. Имя Конюшка представляет собой производную форму одного из крестильных имён: Конон (предположительно переводится с греческого как «трудолюбивый, трудящийся» или «поспешающий»), Константин (от латинского «стойкий, твёрдый, постоянный») или Кондратий (от латинского «квадратный, широкоплечий»). Скорее всего, основатель рода Конюшкиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Конюшка, со временем получил фамилию Конюшкина.