Фамилия Конюшков — одна из тех, что прямо указывают на занятие предка. В её основе лежит прозвище Конюшко, которое образовано от слова «конюх» — человека, ухаживающего за лошадьми. Лошадь в крестьянском и помещичьем хозяйстве была главной рабочей силой, поэтому должность конюха считалась важной и ответственной. Прозвище могло закрепиться и за тем, кто был особенно искусен в обращении с лошадьми, либо за владельцем хороших коней.

Менее вероятная версия возводит фамилию к неканоническому имени Конюшка. В древнерусской традиции детей иногда нарекали именами, образованными от названий животных и птиц — это должно было защитить от злых духов или привить ребёнку качества зверя. Однако в случае с Конюшковым такое объяснение слабее: имя Конюшка почти не встречается в исторических документах, а вот прозвище Конюшко, как и сама профессия конюха, — явление частое.

Суффикс -ов в фамилии стандартный для русского ономастикона: он указывает на принадлежность («чей?»). Конюшков буквально значит «сын Конюшка» или «потомок конюха». Такая модель образования — самая распространённая в России, особенно в среде крестьян и мещан, у которых фамилии окончательно закрепились после отмены крепостного права в 1861 году.

Интересно, что однокоренные фамилии — Конюхов, Конюшенко, Конюшев — встречаются чаще, чем Конюшков. Это может говорить о более узком ареале бытования фамилии или о том, что прозвище Конюшко было менее употребительным, чем, скажем, Конюх. В любом случае, все эти фамилии — из одного гнезда, и корень у них один: «конь» как основа хозяйственной жизни русского крестьянина.