Основой фамилии Конюшкин послужило имя Конюшка. Имя Конюшка представляет собой производную форму одного из крестильных имён: Конон (предположительно переводится с греческого как «трудолюбивый, трудящийся» или «поспешающий»), Константин (от латинского «стойкий, твёрдый, постоянный») или Кондратий (от латинского «квадратный, широкоплечий»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Конюшка, со временем получил фамилию Конюшкин.