Фамилия Конюшина образована от имени Конюша — народной, сокращённой формы нескольких крестильных имён: Конон (с греческого — «трудолюбивый» или «поспешающий»), Константин («стойкий, постоянный») или Кондратий («широкоплечий»). В быту такие уменьшительные имена были распространены в простонародной среде, поэтому предок Конюшиных, скорее всего, принадлежал к крестьянскому или посадскому сословию.

Модель образования здесь классическая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Конюшин). В русской ономастике этот патронимический суффикс встречается у фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Конюша — как раз такой случай.

Важно не путать эту фамилию с созвучной Конюхов — та происходит напрямую от названия профессии (конюх). Конюшина же ведёт родословную от личного имени, а не от ремесла. В говорах слово «конюша» могло также означать «конюх» или «человек, ухаживающий за лошадьми», но основная версия всё же связывает фамилию с каноническими именами. Менее вероятно, хотя и не исключено, что в отдельных случаях прозвище Конюша давали за работу с лошадьми, и тогда фамилия могла возникнуть параллельно — из профессионального прозвища. Но для фамилии Конюшина более убедительным выглядит путь от крестильного имени через обиходную форму.