Фамилия Конюшихин — один из тех случаев, когда редкий суффикс сразу указывает на социальный статус предка. В русских фамилиях суффикс -ихин (как и его вариант -ихин) встречается намного реже, чем привычные -ов/-ев или -ин. Он характерен в основном для северных и северо-восточных регионов России, а также для некоторых районов Поволжья. Если фамилия оканчивается на -ихин, значит, в её основе лежит прозвище или название профессии, которое заканчивалось на -иха. Конюшихин — от слова «конюшиха». Так в старину называли жену конюшего, то есть человека, который ведал конюшней, ухаживал за лошадьми у помещика или в царском хозяйстве.

Почему фамилия образована именно от женской формы? В этом и заключается особенность модели. Фамилии на -ихин часто давали детям, которых записывали по матери: «чей ты?» — «конюшихин», то есть сын конюшихи. Это могло происходить, если отец умер рано, ушёл на войну или был неизвестен, а хозяйство вела вдова. В некоторых случаях так могли прозвать и самого мужчину, если он жил в доме тёщи или жены, чей отец был конюшим. Но основной, наиболее вероятный вариант — происхождение от прозвища женщины, жены конюшего.

В основе фамилии лежит слово «конюх» — человек, ухаживающий за лошадьми. В древнерусском языке «конюший» — это не просто слуга, а важная придворная должность, особенно в Московском государстве. Конюший боярин ведал всем конным хозяйством великого князя или царя. Однако фамилия Конюшихин, скорее всего, относится не к столичной знати, а к людям попроще: конюхам в помещичьих усадьбах, на постоялых дворах или в монастырских конюшнях. Суффикс -ихин выдаёт недворянское, крестьянское или посадское происхождение.

Родственные фамилии — Конюхов, Конюшев, Конюшков — образованы по другим, более распространённым моделям и встречаются чаще. Конюшихин же остаётся редкой, локальной фамилией. Встретить её можно преимущественно в старых переписях Вологодской, Архангельской, Костромской губерний, а также в некоторых районах Сибири, куда переселенцы принесли северные говоры и ономастические привычки.