Фамилия Копташкин — редкая и с прозрачной, на первый взгляд, основой, которая при ближайшем рассмотрении оказывается не такой уж однозначной. В ней отчетливо слышится корень «копт-», что сразу наводит на мысль о копчении. Действительно, первая и самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Копташ. В русских говорах «коптить» означало не только «дымить», но и «жить в бедности, прозябать». Однако суффикс -аш- в прозвище указывает скорее на деятеля: Копташ — это тот, кто занимается копчением, то есть коптильщик рыбы или мяса. Это ремесленное прозвище, распространенное в Поволжье и на русском Севере, где рыбный промысел был развит. Таким образом, предок Копташкиных мог быть мастером по заготовке впрок копченой продукции.

Вторая версия, менее очевидная, но возможная, выводит фамилию из диалектного слова «копта» — так в некоторых областях называли сажу или копоть. Прозвище Копташ могли дать человеку с очень смуглой кожей или тому, кто вечно ходил перепачканным, работая, например, у печи или в кузнице. Однако эта версия слабее: суффикс -аш- чаще образует названия лиц по действию, а не по внешнему признаку.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Копташ (или Копташка) + притяжательный суффикс -ин. Форма Копташкин означает «чей?» — сын или потомок Копташки. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Копта́шкин.

Фамилия имеет региональный оттенок. Она встречается в центральных областях России и в Поволжье, но нигде не образует крупных гнезд. Это говорит о том, что род был немногочисленным и не разросся в большую крестьянскую волость. В дореволюционных источниках Копташкины, по всей видимости, относились к государственным крестьянам или мещанам — людям, чья фамилия произошла от конкретного ремесла, а не от имени или географического названия.

Есть и экзотическая версия, которую приводят лишь для полноты: созвучие с этнонимом «копты» (египетские христиане). Но она лингвистически несостоятельна: русские фамилии от этнонимов образуются иначе (Коптский, Коптев), и суффикс -ашк- для них нехарактерен. Правдоподобнее всего, что Копташкин — это фамилия потомка человека, который профессионально коптил рыбу или мясо, и его дело дало имя всему роду.