Фамилия Корабельникова происходит от прозвища Корабельник. Это «профессиональное именование», то есть прозвище, которое указывало на род занятий человека. Чаще всего так называли того, кто работал на морском судне — в современном понимании, моряка. Однако это не единственная версия. Вполне возможно, что основатель рода Корабельниковых был корабелом, то есть строил корабли. Менее вероятная, но всё же допустимая гипотеза: прозвище мог получить владелец собственного корабля, который вёл торговлю с другими странами.

С точки зрения словообразования, фамилия относится к самой распространённой в России модели: основа прозвища (Корабельник) плюс типичный суффикс принадлежности -ов. Суффикс -ник в основе указывает на лицо по его занятию или характерному признаку — так образованы десятки русских фамилий (Стрельников, Мельников, Плотников). Завершающее -а — это окончание женского рода, то есть перед нами форма, в которой фамилия закрепилась за женщиной (дочерью или женой Корабельникова).

В отличие от многих «морских» фамилий, которые связывают с военным флотом (например, Матросов, Боцманов), прозвище Корабельник чаще относилось к людям, занятым на гражданских или торговых судах. Это добавляет фамилии оттенок: предок носителя, скорее всего, был вольным человеком, а не рекрутом или каторжником, приписанным к флоту. Географически фамилия встречается по всей России, но чаще — в регионах, где есть крупные реки или выход к морю: на Русском Севере, в Поволжье, на Дону и в Причерноморье.