Фамилия Корабельниковы происходит от прозвища родоначальника — Корабельник. В основе лежит слово «корабль», а сама фамилия относится к распространённому типу русских фамилий, образованных от названия профессии или рода занятий.

Самая вероятная версия: Корабельником называли моряка, то есть человека, который работал на морском судне. Однако это прозвище могло относиться и к кораблестроителю — тому, кто строил корабли. Менее распространённая, но возможная гипотеза: прозвище могли дать владельцу собственного корабля, который вёл торговлю с другими странами. В любом случае, прозвище указывает на связь предка с морем и судоходством.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Корабельник» добавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Корабельника). Со временем фамилия закрепилась за потомками и перестала меняться по родам, превратившись в наследственное родовое имя.

Точное место и время возникновения фамилии Корабельниковы установить сложно: процесс формирования русских фамилий был долгим и растянулся на несколько столетий. Однако можно с уверенностью сказать, что фамилия относится к числу «профессиональных» прозвищ, которые были особенно распространены в среде посадских людей и крестьян северных и приморских регионов России, где морское дело имело практическое значение.