Фамилия Коренеев — наглядный пример того, как прозвище, данное за внешность или характер, закрепилось в роду. Её основа — слово «корень». В старину корнем называли не только подземную часть растения, но и человека крепкого, плотного, коренастого. «Коренистый» значило приземистый, широкоплечий, устойчивый. Прозвище Корень могли дать и тому, кто был упрям, «врос в землю» — не сдвинуть с места. В словаре В. Даля есть и другое значение: «коренной» — то есть исконный, постоянный житель, не пришлый.

Суффикс -еев указывает на принадлежность: Коренеев — сын Коренея. Форма Кореней (а не Корень) — это обиходный, народный вариант прозвища, образованный по той же модели, что и Барсук — Барсуков, но с мягким окончанием. Такое словообразование характерно для северных и центральных русских говоров, где охотно смягчали конечный согласный основы. Поэтому географически фамилия Коренеев чаще встречается в Тверской, Ярославской, Костромской областях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли свой говор.

В отличие от фамилии Коренев (с твёрдым «н»), которая могла произойти напрямую от прозвища Корень, вариант с двойным «е» — Коренеев — подчёркивает именно форму «Кореней». В документах XVI–XVII веков попадаются крестьяне с именованием Кореней, но в письменных источниках фамилия фиксируется поздно, в основном с XVIII века, когда закрепилась трёхчленная формула имени.

Версия о происхождении от названия растения — коренья, то есть съедобных корней, — менее правдоподобна. Такое прозвище дали бы скорее торговцу или сборщику, но в говорах для этого существовали отдельные слова. Основной смысл фамилии — телесная или внутренняя крепость человека.

Встречается также написание Коренеев через «а» — Каренеев, но это уже результат аканья, то есть произношения, не изменившего смысла. В целом фамилия редкая, не из числа самых распространённых, но устойчивая: её носители живут в основном в средней полосе России и в Поволжье.