Фамилия Коргунов — одна из тех, чьё происхождение лежит на стыке географии и прозвищ. Её основа — слово «корга», которое в русских говорах имело два основных значения. В северных и сибирских диалектах коргой называли низкий остров, каменистую мель или отмель на реке. В этом случае Коргунов — человек, живший на корге или рядом с ней, то есть фамилия указывает на место жительства. Второе значение более прозаичное: в некоторых областях коргой называли суковатую палку, корягу, а также сгорбленного, скрюченного человека (от глагола «корчить»). Тогда прозвище Коргун могли дать человеку с сутулой фигурой или, в переносном смысле, неуживчивому, «корявому» по характеру.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Коргунов — сын Коргуна. Фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, что было обычным для непривилегированных сословий. В отличие от фамилий на -ин, которые часто образовывались от слов женского рода (например, Коргин от «корга»), форма на -ов здесь, скорее всего, закрепилась от мужского прозвища Коргун.

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу, особенно к Архангельской области и Карелии, где топоним «Корга» встречается часто — есть, например, деревни Корга, Коргово, а также река Корга. В этих местах прозвище могло быть чисто топонимическим: переселенца с острова или отмели называли Коргуном, и это закрепилось за его потомками. Встречается фамилия и у коми, но это, скорее всего, результат ассимиляции русского населения.

Есть и версия о тюркском происхождении, где «коргун» могло означать «защита, крепость», но она менее вероятна для массового бытования фамилии в северных регионах. Какого-то одного «правильного» объяснения нет: Коргуновы из поморских деревень почти наверняка ведут род от прозвища, связанного с рельефом, а южные носители могли получить фамилию от иного корня. В любом случае, фамилия редкая и в основном встречается в пределах исторического ареала — на севере Европейской России.