Фамилия Коргун — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, пришло из тюркских языков. В её основе лежит киргизское слово «коргон», что означает «защищаться, обороняться, укрываться от преследования». Вряд ли речь шла о воине или стражнике: в кочевой среде «коргоном» могли прозвать отца большого семейства, который берёг свой род, или, наоборот, единственного сына — того, кого особенно оберегали.

Фамилия сохранила исходную основу без суффикса, что нетипично для русской модели фамилий на -ов/-ев или -ин. Такая форма — прямое заимствование прозвища в чистом виде — встречается у фамилий, которые закрепились на окраинах империи, в зонах активных контактов с тюркским населением. Скорее всего, предки Коргунов жили на южных рубежах России или в Средней Азии, где слово «коргон» было понятно без перевода.

Есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах «коргон» — это насыпь, холм, укреплённое место. Тогда прозвище мог получить человек, живший у заметного кургана или на возвышенности. Но связь с защитой и обороной остаётся главной нитью: что бы ни значило слово в конкретном диалекте, оно всегда указывало на крепость, укрытие или того, кто это укрытие обеспечивает.