Фамилия Кургунов ведет начало от прозвища Кургуз. В старых русских говорах так называли невысокого человека, коротышку, а также того, кто ходил в куцей, короткой одежде. Слово это сложилось из корней «кур-» (обрубок, нечто усеченное) и «-гуз» — задняя часть, так что буквальный смысл прозвища — «короткозадый». Встречается и переносное значение — «неудачник», но основная мотивация все же внешняя: рост или одежда.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на твердый согласный прибавили суффикс -ов. Начальная форма — Кургуз, в обиходе превратившаяся в Кургуна из-за аканья или просторечного произношения: «Кургун» — это уже переоформленный вариант прозвища, который и дал фамилию. Подобные фонетические сдвиги (замена -з на -н) встречаются нередко: скажем, фамилия Безруков восходит к Безрук, а не к Безруков. Здесь тот же случай.

Редкий суффикс -ун в основе (Кургун) может намекать на южнорусские или украинские говоры, где такие формы активнее. Однако сама фамилия Кургунов фиксируется по всей России, без резкой привязки к одному региону. Встречаются и однокоренные варианты — Кургузов, Кургузкин, — но Кургунов заметно частотнее.

В словаре Б. Унбегауна фамилия не упоминается отдельно, но разбирается модель «Кургуз» как прозвище по физическому признаку. С XVIII века носители фамилии встречаются среди крестьян и мещан — никаких дворянских родов с этой фамилией не известно. Так что предки Кургуновых были, скорее всего, людьми невысокими или носившими куцый зипун, а фамилия закрепилась за их потомками уже без всякой связи с внешностью.