Фамилия Кургунова — женская форма от Кургунов, и её разговорное, почти «домашнее» звучание сразу выдаёт простонародное происхождение. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне и духовенство, суффикс -ов указывает на рядового человека: крестьянина, ремесленника, служилого. Основа здесь — прозвище Кургун, и именно в нём кроется главная загадка.

Самая правдоподобная версия связывает прозвище с тюркским словом «кургун» — так в некоторых тюркских языках называли крепость, укреплённое городище, а иногда и курган. В южнорусских степях, где веками соседствовали славяне и кочевники, такое прозвище мог получить человек, живший у древнего городища, или же выходец из местности с таким названием. Однако есть и другая, более бытовая версия: в русских говорах «кургузый» означает «короткий», «куцый» — так могли прозвать невысокого человека или того, кто носил короткую одежду. Фамилия Кургунов (и её варианты вроде Кургузова) встречается в документах XVII века среди служилых людей и крестьян юга России, особенно в Курской, Воронежской и Тамбовской губерниях — на землях бывшего «Дикого поля», где осели переселенцы и казаки.

Менее убедительно выглядит версия о происхождении от калмыцкого «кургун» (жених) — она возможна, но слишком узка и не объясняет массовость фамилии в чисто русских регионах. Скорее всего, перед нами типичная «географическая» или «качественная» фамилия: предок носителя либо жил у кургана, либо сам был «кургузым» — коротышкой. Склонение фамилии стандартное: Кургунов, Кургунова, Кургуновы. Встречается и ударение на второй слог (Кургунов), и на третий (Кургунов), что характерно для фамилий с тюркской основой.