Фамилия Коркишкин — редкий пример, где суффикс сразу выдаёт географию. Модель на -кин типична для северо-западных и северных русских земель (Псков, Новгород, Архангельск), а также для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -ка. В данном случае основа — Коркишка.

Само прозвище Коркишка — это уменьшительная форма от слова «корка» или от имени Корк/Корка. В русских говорах «корка» имела не только прямое значение (хлебная корка, кожура), но и переносное: так могли называть сухого, жёсткого человека или, наоборот, того, кто «объедает корки» — бедняка. По другой версии, основа восходит к диалектному «коркий» — ломкий, хрупкий, или даже к «коркать» (каркать, ворчать). Версия с птичьим криком менее вероятна, так как суффикс -ишк- в прозвищах обычно указывает на уменьшительность или пренебрежение, а не на подражание звуку.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Корка → уменьшительное Коркишка → фамилия Коркишкин («чей?» — сын Коркишки). Суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я, что и произошло. Фамилия однозначно крестьянская по происхождению: в среде духовенства или дворянства такие «простые» модели с уменьшительным суффиксом почти не встречались. Носители фамилии, скорее всего, были выходцами из крестьян северных губерний или Поволжья, где фамилии на -кин особенно распространены.

В отличие от более частых Коркиных (от той же основы, но с другим суффиксом), Коркишкины — фамилия штучная. Если Коркины могли образоваться и от топонимов (река Корка, село Коркино), то форма на -ишк- почти всегда указывает на личное прозвище, а не на географию. В дореволюционных переписях эта фамилия фиксируется эпизодически, что говорит о её локальном бытовании в одном-двух уездах.