Фамилия Корнекшев — редкая и морфологически нестандартная. Даже на слух она не укладывается в привычные модели: основа «Корнекш-» явно не от имени, не от профессии и не от названия животного. Чтобы понять её происхождение, придётся разобрать слово по частям и заглянуть в диалектную лексику.

Первая половина — «Корн-» — почти наверняка восходит к имени Корней (от лат. Cornelius). В русских фамилиях это имя дало множество вариантов: Корнеев, Корнилов, Корнеенко. Но здесь к основе добавился не типичный суффикс, а целый блок «-екш-». Вторая часть, «-ешев», похожа на притяжательный суффикс (как в фамилиях от прозвищ на -еш: Кудешев, Алешев). Если соединить, получается, что исходное прозвище звучало как Корнекша или Корнекш.

Что могло означать это прозвище? Скорее всего, это не каноническое имя, а народная переделка. В говорах северных и центральных областей России существовала тенденция укорачивать и «прилаживать» имена к местному произношению. Имя Корней в быту могло превратиться в Корнек, а затем, для удобства, в Корнекша — по аналогии с уменьшительными формами вроде Ванюкша, Петрякша. Суффикс «-кш-» встречается в ономастике как редкий диалектный вариант, характерный для прозвищ в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Таким образом, Корнекшев — это «сын Корнекши», то есть потомок человека, которого в деревне звали уменьшительно-ласкательно от Корнея.

Альтернативная версия — связь с тюркскими корнями, где «корнек» могло означать что-то вроде «зрячий» или «видный» (от кёр — глаз). Но эта гипотеза слабая: фамилия не встречается в татарских или башкирских перечнях, а её окончание на «-ев» указывает на русскую, а не восточную модель образования. Правдоподобнее считать, что перед нами чисто русская фамилия, возникшая в среде крестьян или посадских людей на Русском Севере. Фамилия Корнекшев не попала в массовые списки дворянских родов, её носители, скорее всего, были людьми простого сословия, и сохранилась она в основном в Вологодской области и прилегающих районах.