Фамилия Кощей — одна из тех, где за привычным сказочным образом стоит более приземлённое и древнее значение. Вопреки ассоциации с бессмертным злодеем, прозвище Кощей этимологически восходит к слову «кость». Человек мог получить его за внешнюю худобу, «костлявость», но это лишь одна из версий.

В разных говорах гласные «о» и «а» могли чередоваться, поэтому в древнерусском языке бытовала форма «кащей». И означала она вовсе не сказочного персонажа, а слугу, раба или прислужника. Таким образом, прозвище могло указывать на социальное положение предка — человека, находящегося в зависимом состоянии. Вторая бытовая версия связывает Кощея со скупцом, скрягой или ростовщиком — то есть с человеком, который «костенеет» над каждой копейкой.

Фамилия образована без типичного фамильного суффикса — от прозвища напрямую, по так называемой «нулевой» модели. Это характерно для древних, часто односложных прозвищ, которые закрепились за родом в чистом виде. Встречается фамилия в основном в центральных и южнорусских областях, реже — на севере. В письменных источниках XVII–XVIII веков фигурируют крестьяне и посадские люди с этим прозвищем, что подтверждает его «несказочное» бытование в реальной жизни.