Фамилия Костаковы — один из тех случаев, когда за простым, на первый взгляд, звучанием скрывается несколько версий происхождения, и ни одну из них нельзя отбросить сразу.

Самая очевидная и лингвистически обоснованная версия ведет к имени Константин. В русских говорах и соседних языках это имя давало множество уменьшительных форм. Костак — румынская и молдавская ласкательная форма от Константина. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Костаков, то есть сын или потомок Костака. Поскольку имя Константин (от лат. constans — «стойкий, постоянный») было широко распространено в православной среде, эта версия выглядит самой надежной.

Вторая версия, хотя и менее вероятная, связывает фамилию с топонимом. Косток — название небольшого города недалеко от Праги. Если предок действительно был выходцем оттуда, его могли прозвать Костаком по месту жительства. Однако для русского уха такое прозвище звучало бы как указание на чужака, и фамилия могла закрепиться именно в среде, контактировавшей с чешскими землями.

Третья гипораза уводит на Кавказ. Слово «кёстэ» в некоторых местных языках означает «прицеливаться, всматриваться». Отсюда прозвище Костак мог получить меткий охотник или сторож. Но здесь важно сделать оговорку: слово явно не славянское, и для того, чтобы оно превратилось в русскую фамилию с суффиксом -ов, носитель прозвища должен был жить в русскоязычной среде или быть записанным в документах по-русски.

Из этих трех версий первая (от имени Константин) самая простая и массовая. Топонимическая и кавказская гипотезы — скорее исключения, возможные для отдельных ветвей рода. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян и мещан растянулся до XIX века, и Костаковы могли появиться независимо в разных губерниях.