Фамилия Костонян — яркий пример армянской модели образования фамилий, которая сразу указывает на происхождение рода. В русском восприятии она может казаться редкой или загадочной, но с точки зрения ономастики всё прозрачно: суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — один из главных маркеров армянских фамилий, означающий «из рода» или «принадлежащий». По сути, Костонян — это «потомок Косто» или «из дома Косто».

Основа фамилии — личное имя Косто. Оно, скорее всего, представляет собой краткую, народную форму от полного армянского имени. Здесь возможны два варианта. Первый: Косто — производное от Константин (армянский вариант — Костандин или Костанд). В армянской среде имя Константин было популярно благодаря святым и царским именам, и его усечение до Косто — естественный процесс. Второй, менее вероятный вариант: связь с армянским словом «кост» (кость) или «кост» как часть сложных имен, но это спорно — фамилии от названий частей тела в армянском языке встречаются, но реже, чем от личных имен.

Географически фамилия Костонян наиболее характерна для западных областей исторической Армении, а также для общин армянской диаспоры, сформировавшихся после геноцида 1915 года. В России и странах СНГ она встречается там, где селились армяне-переселенцы: на Кубани, в Ростовской области, в Ставрополье, а также в крупных городах — Москве и Санкт-Петербурге. Интересная деталь: в русских документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать как Костонянц — с сохранением старого окончания, которое указывало на принадлежность к роду более прямо, чем современное -ян.

По социальному происхождению предки-носители фамилии Костонян могли принадлежать к разным слоям: от крестьян и ремесленников до купцов и духовенства. Судя по имени-основе, которое не было аристократическим титулом, а скорее распространенным личным именем, фамилия не указывает на знатное происхождение, но и не ограничивает его — среди Костонянов могли быть как сельские жители, так и горожане. В любом случае, фамилия сохраняет память о предке по имени Косто, который дал начало роду.