Фамилия Костроганова — редкий случай, когда географическая привязка, вероятно, первична, а не профессия или личное имя. Основа здесь — «Кострога», и это не просто созвучие с городом Кострома, а прямая отсылка к реке Кострога, левому притоку Волги, протекающему в Костромской области. Человек, получивший прозвище Кострога, скорее всего, жил на этой реке или был оттуда родом. Модель образования фамилии проста: прозвище Кострога плюс патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Кострогов), и женское окончание -а.

Разберём суффикс -ин, которого здесь нет. Фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Пушка — Пушкин, Илья — Ильин). У нас основа на твёрдый согласный (-г), поэтому закономерно -ов. Это типичная «великорусская» модель, самая массовая в центральных и северных областях России.

Интересно, что слово «кострога» в некоторых северных говорах означало «кострика» — жёсткая часть стебля льна или конопли, остающаяся после трепания. В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который занимался обработкой льна (трепал, мял), или, в переносном смысле, к человеку с жёстким, «колючим» характером. Однако версия с рекой Кострогой выглядит более надёжной, потому что гидронимы (названия рек) часто становились основой для прозвищ, а потом и фамилий в тех местах, где люди веками жили вдоль водных артерий.

Фамилия Костроганов встречается редко. Её география, по данным открытых источников, тяготеет к северо-востоку европейской части России — Костромская, Вологодская, Кировская области. Двойной суффикс -ан-ов (Кострог-ан-ов) — не ошибка, а вариант, при котором прозвище сначала получило уменьшительную или «личную» форму Костроган (как Иван — Иванов, но с добавлением -ан), а затем уже оформилось в фамилию. Такая модель встречается, но нечасто, что делает фамилию дополнительно характерной для определённого локального ареала.

В сословном плане носители фамилии, скорее всего, были из крестьян или посадских людей. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. Если ваши предки — Кострогановы, ищите их корни в писцовых и переписных книгах XVII–XVIII веков по Костромскому уезду и соседним территориям, где протекала река Кострога.