Фамилия Костроганов — одна из тех, где на первый взгляд угадывается знакомый корень, но при ближайшем рассмотрении он оказывается обманчивым. Большинство сразу подумает о городе Кострома, но здесь работает иная словообразовательная модель. Суффикс -анов (а не -ов) указывает на то, что основа, скорее всего, не географическое название, а прозвище или мирское имя.

Разбираем корень: «костроган». В русских говорах слово «костро́га» или «кострога́» имело несколько значений. В тверских и псковских диалектах так называли сварливого, бранчливого человека — того, кто «костерит», ругается. В других областях «кострога» — это ость, жесткий волос или щетина, а также растение с колючками. Прозвище Кострога мог получить либо человек с неуживчивым характером, либо, что реже, кто-то с жесткими, торчащими волосами. Увеличение «Костроган» — это уже прозвище с экспрессивным суффиксом -ан, который усиливал признак: «большой спорщик» или «очень колючий».

Отсюда фамилия Костроганов образована по типичной для XVI–XVII веков модели: прозвище (Костроган) плюс притяжательный суффикс -ов. Она означает «сын Кострогана» или «из рода Кострогановых». В отличие от фамилий на -ский, которые чаще давались по названиям имений, эта фамилия — чисто прозвищная, бытовая. Она могла закрепиться в крестьянской или посадской среде, где прозвища были точными и цепкими.

Стоит отметить, что фамилия редкая и не встречается в списках титулованных дворянских родов. Судя по данным переписей, основные очаги фамилии — северные и центральные губернии России: Вологодская, Костромская, Вятская. Это косвенно подтверждает связь с местной диалектной лексикой: именно в этих краях слово «кострога» было в ходу.

Если же допускать альтернативную гипотезу — что в основе лежит топоним Кострома, — то фамилия должна была бы звучать как Костромитинов или Костроминов (по названию жителя). Форма «Костроганов» для этого нехарактерна и лингвистически менее вероятна. Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, получил свое прозвище за крутой нрав или внешнюю особенность, а не за место жительства.