Фамилия Костяковский — одна из тех, где сразу видна географическая привязка: суффикс -ский указывает на происхождение от названия места. В отличие от простых патронимических фамилий на -ов или -ин, такие фамилии в России чаще всего носили дворяне, духовенство или выходцы из западных земель (украинских, белорусских, польских). Носитель фамилии Костяковский, скорее всего, потомок человека, владевшего или жившего в населённом пункте с корнем «Костяк-».

Самый очевидный вариант — топоним Костяково или Костяковка. Таких деревень и сёл в России и на Украине несколько десятков. Название, в свою очередь, произошло от личного имени Костяк (уменьшительная форма от Константин) или от прозвища Костяк, которое могли дать крепкому, «костлявому» человеку. Суффикс -ов-/-ев- в названии села указывал на принадлежность («Костяково» — «деревня Костяка»), а уже от этого названия через суффикс -ский образовалась фамилия переселенца или помещика.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от фамилии Костяков с добавлением типичного для польской шляхты окончания -ский. В этом случае Костяковский мог быть сыном или потомком Костякова, получившим фамилию по модели, принятой в среде мелкопоместного дворянства. Такая практика была распространена на территории Речи Посполитой в XVI–XVII веках.

Особенность фамилии в том, что она почти не встречается в старых московских боярских списках. Её география — запад и юго-запад Российской империи: Черниговская, Киевская, Подольская губернии, а также современная Беларусь. Среди носителей фамилии известен революционер и публицист Владимир Костяковский (конец XIX века), но в целом фамилия остаётся относительно редкой и локальной, не разошедшейся широко по стране.