Фамилия Костяников — одна из тех, что образована не от церковного календарного имени, а от прозвища или мирского имени, и её корень указывает на занятие или характерную черту предка. Основа «Костян» — это краткая форма от имени Константин (через разговорные варианты Костя, Костян) или напрямую от слова «кость». Второе правдоподобнее, если учесть суффикс «-ик»: Костяник — человек, имеющий отношение к кости. Чаще всего так называли костореза, мастера, который вырезал из кости пуговицы, гребни, шахматные фигурки и другие мелкие предметы. Промысел этот был распространён на Русском Севере (Архангельская, Вологодская губернии) и в Поволжье, где работали с моржовой и коровьей костью. Реже Костяником могли прозвать костлявого, худого человека — прозвище по внешности, но для фамилии такая основа встречается реже, чем профессиональная.

Суффикс «-ов» в конце — стандартный патронимический или посессивный: «чей?» — Костяников, то есть сын или потомок Костяника. Модель образования типична для русских фамилий второй половины XVII–XIX века, когда прозвища и профессии закреплялись за родом. В отличие от фамилий вроде Костин или Константинов, Костяников стоит особняком: он указывает не на имя, а на конкретное ремесло, что делает его более редким и локальным.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, но без ярко выраженного одного гнезда. В дореволюционных переписях Костяниковы чаще фиксировались среди крестьян и мещан, а не дворянства, что подтверждает бытовое происхождение. Сравните с однокоренными Костягин, Костюков — они восходят к именам, а Костяников — к занятию, и это главное, что стоит запомнить о фамилии.