Фамилия Костянникова — одна из тех, что может рассказать о предке сразу с двух сторон: либо о его имени, либо о внешности. В основе лежит слово «Костянник». Чаще всего это бытовая, народная форма мужского крестильного имени Константин. В переводе с греческого Константин означает «стойкий, постоянный». В русских деревнях и городах полные имена нередко сокращали и переделывали на свой лад, так и появился Костянник — от Константина через промежуточные варианты вроде Костя, Костян.

Но есть и вторая версия, не менее правдоподобная. Слово «кость» дало прозвище Костянник человеку очень худому, костлявому. В старину прозвища по внешним чертам давали метко и навсегда: если предок был сухощав, с выступающими суставами, его могли прозвать Костянником. Такое прозвище не обязательно звучало обидно — скорее как констатация заметной особенности.

Фамилия образована по стандартной русской модели: основа Костянник плюс типичный суффиксальный патроним -ов, дающий форму Костянников. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Костянников, то есть сын, потомок Костянника. Женская форма Костянникова появилась естественным путём как вариант для замужних женщин и дочерей.

Интересна редкость такого суффиксального оформления. В русских фамилиях от имени Константин чаще встречаются варианты Константинов, Костин, Костюков. Форма Костянников встречается заметно реже, что делает её более локальной. Скорее всего, фамилия закрепилась в одном или нескольких соседних регионах, а не разошлась широко по всей России. Точную географию бытования установить без специальных данных сложно, но можно предположить, что носители фамилии сосредоточены на стыке центральных и южных областей.

Что касается сословной принадлежности, то фамилии на -ов в основном носили крестьяне, мещане и духовенство. Костянниковы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, поскольку прозвищная основа указывает на бытовую, недворянскую среду. Дворянские фамилии чаще образовывались от полных форм имён или от названий поместий.

Так что у фамилии Костянникова два равноправных объяснения: либо предок носил имя Костянник (народный вариант Константина), либо получил прозвище за худобу. Оба варианта имеют право на существование, и без дополнительных исторических документов по конкретной семье выбрать между ними невозможно.