Фамилия Котта — редкий случай в русском ономастиконе, где итальянское звучание почти наверняка обманчиво. Вопреки ожиданиям, её корни не средиземноморские, а местные, и связаны они с прозвищем, которое давали на Русском Севере. Основа фамилии — диалектное слово «котта», которое в архангельских и вологодских говорах означало короткую верхнюю одежду, род куртки или кафтана, а также могло относиться к неопрятному, небрежно одетому человеку. Таким образом, первый носитель прозвища Котта мог быть либо портным, специализировавшимся на такой одежде, либо человеком, за которым закрепилась эта бытовая характеристика.

Модель образования фамилии нестандартна для русского языка. В ней нет типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Фамилия застыла в форме чистого прозвища — так называемая «нулевая суффиксация», когда исходное слово целиком становится фамилией без изменений. Такое встречается редко и характерно для фамилий, возникших из прозвищ, которые звучали как нарицательные имена существительные: Сорока, Голова, Шуба. Котта примыкает к этому же ряду, что сразу выделяет её на фоне массовых патронимических фамилий.

Версия об итальянском происхождении (от Cotta — «кольчуга», «прослойка» или фамилия известного философа) для русского носителя маловероятна. Если бы фамилия попала в Россию через иностранцев, она бы, скорее всего, сохранила ударение на первый слог или получила русифицированный суффикс. В русской среде Котта обычно произносят с ударением на последний слог, что подтверждает её северное диалектное происхождение.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, а также к старообрядческим поселениям, где сохранялась архаичная лексика. Встречается она крайне редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: носители Котта, скорее всего, связаны общим предком из небольшого региона. По сословной принадлежности предки были крестьянами или посадскими людьми — прозвища по одежде и ремеслу в дворянской среде почти не давали.