Фамилия Котубей звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые оформляли бы фамилию по русской модели притяжательного прилагательного. Перед нами — застывшее прозвище или тюркское по происхождению сложное имя. Самая правдоподобная версия возводит основу к тюркскому «котубей» (или «кут-бей»), где «кут» означает «счастье, удача, благодать», а «бей» — «господин, князь». Таким образом, прозвище могло означать «счастливый господин» или «князь удачи». Такие составные имена были распространены у народов Крыма, Кавказа и Поволжья, откуда они попадали в русскую среду через служилых татар, казаков или торговых людей.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с украинским или польским словом «кот» (кот) и диалектным «убей» (от «убити»), что могло дать ироничное прозвище «котоубийца». Однако это скорее народная этимология: для славянской модели словообразования такое слияние глагола и существительного в фамилию без суффикса — редкость. Тюркский вариант объясняет и необычное окончание, и исторический контекст.

Встречается фамилия главным образом в южнорусских и украинских регионах, а также среди потомков казачества, где смешение с тюркскими родами было обычным делом. Сословно предки Котубеев могли быть как рядовыми казаками, так и мелкими дворянами, получившими фамилию от прозвища, которое закрепилось за основателем рода. В письменных источниках фамилия фиксируется с XVII века, в реестрах запорожского казачества и в переписных книгах южных уездов.

Разбор фамилии Котубей показывает, как язык сохраняет память о контактах культур: тюркское имя, попав в русскую среду, перестало быть личным именем и стало наследственным фамильным знаком, не изменив своей формы.