Фамилия Ковалень напрямую связана с ремеслом кузнеца. В основе лежит украинское, белорусское и русское диалектное слово «коваль» — «кузнец». Это одна из тех «профессиональных» фамилий, которые были широко распространены в среде крестьян и ремесленников: кузнец в деревне считался человеком уважаемым и заметным, поэтому прозвище легко закреплялось за ним и его потомками.

Обратим внимание на суффикс. Форма «Ковалень» образована с помощью суффикса -ень, который в южнорусских и украинских говорах часто придавал слову оттенок ласкательности или указывал на принадлежность. В данном случае это могло означать «сын кузнеца» или «маленький кузнец», «подмастерье». Такая модель встречается реже, чем стандартное «Ковалёв», что делает фамилию заметной на фоне однокоренных.

Если сравнивать с другими фамилиями того же корня, то «Коваль» — это просто прозвище без суффикса, «Ковалёв» — типичная русская патронимическая форма (чей? — Ковалёв), а «Ковальчук» и «Коваленко» — украинские варианты с суффиксами сыновства. «Ковалень» стоит особняком: по звучанию он ближе к западнорусским или белорусским говорам, где суффикс -ень встречается в фамилиях типа «Козлень», «Рыбень». Географически фамилия чаще всего встречается на территории современной Украины, в южных областях России и в Беларуси — в тех регионах, где слово «коваль» было в ходу.

Таким образом, предок человека с фамилией Ковалень, скорее всего, был кузнецом — либо мастером, либо его сыном, которого в округе называли уменьшительно или выделяли как «кузнецова сына». Фамилия не несёт в себе сословных указаний, она одинаково могла закрепиться и за крестьянином, и за казаком. В дореволюционных документах встречаются варианты написания «Коваленъ» с твёрдым знаком на конце, что указывает на старую орфографию.